A mi me pasa con la eléctrica. En la 5º cuerda me suben mucho los graves, tanto que me retumba el subwoofer, así que lo que hago es poner un filtro de frecuencias, para que los graves tengan un límite, y se soluciona.
Si es una distorsión parece más cosa del previo, supongo que habrás probado grabar bajando el volumen del previo. Un instrumento como una guitarra no es como un micrófono. Además las distorsiones no se pueden corregir. Una caja de inyección es siempre recomendable, no son muy caras. ¿Has probado grabar la guitarra directamente a una entrada de jack de la tarjeta de sonido? Después puedes ecualizarlo con algún software de ecualización
Sobre la latencia quizá es porque le estás metiendo efectos de entrada. Si grabas limpio no debería darte latencia. A mi me pasa si uso un compresor software a la vez que grabo. También depende de la frecuencia de muestreo, cuanta más frecuencia, más trabaja la tarjeta de sonido